Селекция

[skolev]

[skolev]

Интересно четиво 

[skolev]

Това е пълният текст на статията.

[skolev]

Pug, Pointer, Mixed-breed dog, German Dogo, Weimaraner - Haplogroup: A1a1a.

31 Mixed-breed dog    15814 A* G C G T A C T T T A A T T A G A T A A T C A A C A       A1a1a
32 German Dogo        15814 A* G C G T A C T T T A A T T A G A T A A T C A A C A       A1a1a

Суха статистика от статията. 

[goce_07]

Очите ли ме лъжат или митохондриално излязлата най многобройна хаплогрупа при изследването на кучета от НОКК В БАН е идентична с митохондриалната хаплогрупа на немския дог, ваймаранера, мопса а и ...... ега ти ужаса със смесена микс порода.

[KaraKitan]

След като цяла България вече станахме специалисти по Чума по дребните преживни (PPR), дойде ред и на mDNA.
Нямам никакво съмнение, че и тази, до скоро напълно непозната тема няма да се опре на коментаторите и скоро ще разберем за всяко куче точно каква кръстоска е и на коя дата се е случило съешаването с другата порода.
Все пак трябва да свалим шапка на пионера в масовата вербална употреба на "генотест" и "генетична решетка" бай Г Аврам Петков.

[kennel Vucho]

Ако не беше жалко щеше да е смешно.

[skolev]

Мисля, че всички имаме свобода да четем, споделяме и коментираме по темата. А кой каквото разбрал, видял или иска да види не коментирам.

[KaraKitan]

Естествено, че всеки е свободен да търси, чете, публикува и коментира.

Публикуваната статия е наистина интересна, но за разбирането и е нужно човек да има познания. Поради това бих се радвал на всякакви коментари на хора, които са по-навътре в генетиката, биологията и биохимията. Ще може да научим нещо ново в област, която тепърва набира скорост.

[kennel Vucho]

Т.нар. хаплогрупи могат да служат единствено за построяване на филогенетични връзки между отделни популации, подчертавам популации! За нуждите на едно такова изследване е необходима изключително мащабна извадка, или казано с други думи - голям брой проби. Повечето сериозни научни публикации по този проблем са с извадка от няколкостотин изследвани животни. Малкия обем на извадката е проблем при обработването на данните посредством софтуерен модел и води до недостоверни резултати, от от тук до изкривени изводи. По никакъв начин те не могат да се използват за "определяне на порода", или пък като "доказателство за кръстосване с определена порода". Породното генотипиране се осъществява на базата на друга методика и изисква друг подход за анализ който беше обяснен в предишни постове. Да се върна на хаплогрупите при кучетата, ето един материал който е доста интересен и буди още по интересни въпроси за филогенезата и доместикацията на кучето. И дали само 200 години назад може да бъде периода който може да се върне? Тук хората правят заключения до 16 000 години назад! Въпросният рядкосрещан хаплотип D2 се счита за географски разпространен от средиземноморския басейн до Югоизточна Азия, района на редица азиатски породи кучета пазачи на стада. Това само по себе си е доказателство за общността във филогенезата на европейските кучета пазачи на стада със същите от района на Азия. Още повече че един от основните доместикационни центрове се счита именно района на Югоизточна Азия.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3287314/

[KaraKitan]

Няколко интересни пасажа от статията в линка подаден от д-р Вучков, "Comprehensive study of mtDNA among Southwest Asian dogs contradicts independent domestication of wolf, but implies dog–wolf hybridization". Статията е резултат от изследване проведено от ирански, шведски и турски учени

Според данните от изследването авторите предполагат, че Югозападна Азия е район на зараждане на субхаплогрупа D2 и че същата вероятно е свързана с кръстосвания между кучета и вълци.
Изследването също показва ясна връзка между едрите кучета пазачи и хрътки в Югозападна Азия, Южна Европа и Северна Африка и подсказва път на миграция на хора и кучета от Югозападна Азия към Средиземноморския басейн още от неолита та до по-късни исторически периоди.
----

sub-haplogroup d2: probable origin from dog-wolf crossbreeding in SwAsia
Another possible sign for a separate domestication of wolf in SwAsia, or alternatively a dog–wolf crossbreeding, is the presence of sub-haplogroup d2 only in SwAsia and the Mediterranean basin. Only 2.6% of the SwAsian dogs carried haplotypes of sub-haplogroup d2, it was not found in FC, and at 1.3% frequency in FC-xtd. If sub-haplogroup d2 would have originated through a separate domestication in SwAsia, a considerably higher frequency would be expected. Therefore, dog–wolf crossbreeding seems the probable source for this haplogroup. Three of the four d2 haplotypes were found in SwAsia, and only a single one in Iberia and North Africa (Fig. 4; Table S1), indicating SwAsia as the probable center of origin. In SwAsia, d2 was found among working mastiffs (e.g., Kangal and Torkaman) and one sighthound (Persian Greyhound), in North Africa in one sighthound (Azawakh), and in Iberia among both mastiffs (Estrela) and Sighthounds (Galgo).

------

In contrast, there are clear indications that sub-haplogroup d2 had a separate origin in SwAsia, yet through dog–wolf hybridization rather than domestication, considering the low frequency. The region of origin for d2 cannot be definitely established, because few samples carrying d2 haplotypes have been identified so far. However, since three of the four d2 haplotypes were found in SwAsia, and only a single one in the Iberian Peninsula and North Africa, and also considering the numerous human migrations along the SwAsian–Mediterranean route through history, SwAsia seems the likely region of origin for sub-haplogroup d2. Importantly, if this gene flow between dog and wolf was reciprocal (Anderson et al. 2009), this would also explain why wolves from the Middle East share more autosomal multilocus haplotypes with dogs than do wolves from Northern China, Europe, and America, as reported by vonHoldt et al. (2010).

------

Furthermore, if the dog originated in East Asia, SwAsia may have mediated the pass of dogs on their spread to Europe, while an alternative route would have been via Siberia. We therefore compared the haplotype pools for SwAsia, Europe, and Siberia, to look for patterns indicating the route of migrations to Europe. Continental Europe and SwAsia shared 16 haplotypes that were not found in Siberia, while only two haplotypes not present in SwAsia were shared between Europe and Siberia (Table S6), indicating closer ties of European dogs to SwAsia than to Siberia. This may indicate that the European dog population was formed predominantly through migrations via SwAsia rather than Siberia, in agreement with suggested origins and routes of human migration, and the formation of Neolithic populations in Europe (Bramanti et al. 2009; Haak et al. 2010). Also, the sharing of sub-haplogroup d2 with North Africa and South Europe suggests a gene flow along the Mediterranean basin, probably in connection with the spread of the Neolithic (Diamond and Bellwood 2003) or more recent events such as the Muslim expansion.

[Deleted User]

Само една вметка - при изследването на нашите овчарски кучета е установена уникалната хаплогрупа D2b. Никой, никога не е твърдял че D2 е уникален подтип, защото D2 и D2a се срещат в регионите, които е споменал по-горе Наско. Но D2b засега е изолиран единствено при изследването на нашите кучета. Дали си е местен български, балкански, южноевропейски или средиземноморски времето ще покаже, но на този етап е уникален.

[kennel Vucho]

Вано, без съмнение изследванията които са направени представляват интерес, и далеч не са първите уникални резултати по отношение на генетиката на каракачанското куче - например в кариотипа на каракачанеца бяха открити висок процент на хромозомни аберацииq което определяме като специфична особеност, също така е и уникално и липсата на девиации в половите Х и Y хромозоми, което пък е характерно за другите породи. Така че да има уникални неща в нещо което не е изследвано до сега и това е добро начало, но първо - извадката за подобен тип проучване (хаплогрупова идентификация) е много малка, което е обяснимо предвид цената на проба и самофинансирането, второ - на базата на тази малка извадка определянето на даден хаплотип с ниска разпространеност сред популацията, при софтуерната обработка на данните би могло да се включи в рамките на статистическата грешка което само по себе си не може да бъде основание за достоверни заключения. И ставаше въпрос за хаплогрупа D2, а не за опреден хаплотип или суб-хаплотип. Пак повтарям - по този начин се проследява филогенетични връзки, и в никой случай не може да бъде критерий за породна принадлежност или доказване на междупородно кръстосване!

За доказателство на по горното твърдение - в определен геном от изследваната извадката има генетичен материал от тези екземпляри:



Резонен е възникналия въпрос - към коя по точно хаплогрупа принадлежат?

[Deleted User]

И едно въпросче (което може би ще отговори на въпроса ти към коя хаплогрупа принадлежат Поповите кучета):



Разпределение на субхаплотиповете при Бг породите, които са участвали в изследването:


Та въпроса е - как си обяснявате наличието на субтипа А2 при 3 от пробите на БОК (около 22% от пробите им) ?

[Deleted User]

...

и в никой случай не може да бъде критерий за породна принадлежност или доказване на междупородно кръстосване!

...

Никой никога не е казвал че с метода може да се определи междупороднно кръстосване. Определят се кучета, при които излизат нехарактерни за региона хаплотипове, като А2 и B2, което съотнесено към появата им в един сравнително по-кратък период (около 200 г.) говори за почти сигурно наличие на кръстоска с породи, за които тези хаплогрупи са характерни. Но никой не може да конкретизира на база само на това изследване дали е КО, САО, Тибетец и т.н., но няма как да се скрие тяхното наличие и както каза единия от доцентите в БАН - има ли кучета с различен произход (в случая средно и източно азиатски типове), то това се отчита. Не съм навътре в нещата и не мога да говоря с подробности, казвам какво съм разбрал от разговорите с учените в БАН.